Ученые выявили «российский» вариант коронавируса

В России обнаружен новый вариант коронавируса, который приобрел 18 мутаций за четыре месяца нахождения в организме пациентки с подавленным иммунитетом. Этот штамм может претендовать на звание «российского» по аналогии с «британским». Он относится к той же группе, часть мутаций патогенов совпадает. Ранее директор Института им. Н.Ф. Гамалеи (разработчик вакцины от коронавируса «Спутник V») Александр Гинцбург заметил, что в России, скорее всего, есть свой уникальный штамм коронавируса, как в Великобритании, но его пока не выявили. Впрочем, делать выводы о новом виде SARS-CoV-2 пока преждевременно: он недостаточно изучен и пока описан случай только с одним пациентом, указывают ученые.

Особый случай

Существует большая вероятность, что в России есть свой уникальный штамм SARS-CoV-2 наподобие обнаруженного в Великобритании. Об этом в понедельник заявил директор Центра им. Н.Ф. Гамалеи Александр Гинцбург.

Российские ученые опубликовали препринт с описанием случая пациентки, внутри организма которой коронавирус приобрел 18 новых мутаций. Работу написали ученые Сколковского института науки и технологий (Сколтех) в соавторстве с исследователями Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, а также Первого государственного медицинского университета им. И.П. Павлова и НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева. В препринте говорится о женщине 47 лет с диагнозом «неходжкинская диффузная B-клеточная лимфома IV стадии B» (злокачественное новообразование). Она заразилась коронавирусом в палате, проходя химиотерапию в апреле. С тех пор ей многократно делали ПЦР-тест, и он показывал положительные результаты вплоть до 9 сентября.

Ученые прочитали геном коронавируса в образце мазка пациента А, вероятного источника инфекции, полученный 10 апреля. Таким образом удалось установить, какие мутации патоген приобрел в организме пациентки с лимфомой.

— В геноме нашумевшего «британского» штамма 20B/501Y.V1 или VOC 202012/01 (линии B.1.1.7) также обнаружено много новых функциональных мутаций. Было предположено, что он мутировал, находясь долгое время у пациента с ослабленным или подавленным иммунитетом. Но именно в этой российской работе было впервые убедительно показано, что приобретение большого количества мутаций является результатом долгого нахождения SARS-CoV-2 в одном организме, — объяснил профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета (Германия) Константин Крутовский. — Именно в таких условиях коронавирус получает возможность изменяться необычайно быстро и эволюционировать в сторону адаптации к организму хозяина-человека. Большинство из этих мутаций — несинонимичные, то есть вызывают замену аминокислот в белках вируса и могут повлиять на функции вируса.

Как в норке

Интересно, что две из 18 мутаций идентичны тем, которые были найдены у норок в Дании. Напомним, что анализ ситуации привел тогда к выбраковке миллионов животных. Причины для тревоги включали быстрое распространение вируса среди норок и обнаружение специфического набора мутаций на функционально важных участках, некоторые из которых вызвали ускользание от иммунитета. Эти мутации сохранялись при последующей передаче коронавируса человеку.

Опасную комбинацию обозначили как ΔF — именно она дает патогену возможность быстро размножаться и уклоняться от распознавания путем нейтрализации антител. Это вызвало опасения, что такие мутации могут повлиять на эффективность вакцины.

Авторы статьи пишут: «Мы сообщаем о случае пациента с лимфомой с длительным заболеванием COVID-19 с положительными результатами ПЦР-тестов за период более четырех месяцев. Мы показываем, что она приобрела 18 новых мутаций, включая комбинацию ΔF». Это значит, что опасная комбинация образовалась в организме этой пациентки еще раз.

Такое независимое возникновение схожих комбинаций мутаций труднообъяснимо случайными событиями, считает Константин Крутовский. Это признак направленного естественного отбора в пользу мутаций, способствующих адаптации вируса к хозяину.

— Другие мутации совпадают с теми, которые раньше наблюдались при эволюции вируса в SARS-CoV-2 у других иммуносупрессированных пациентов, и с теми, которые возникли в быстро распространяющемся «британском» варианте (VOC-202012/01), который тоже, предположительно, возник у человека с ослабленным иммунитетом, — сказал эксперт.

Пока делать выводы о наибольшей скорости распространения нового «российского» штамма преждевременно, так как описан только один случай, считает Константин Крутовский.

— Найденный в РФ новый вариант коронавируса относится к той же кладе (группе близкородственных организмов), что и «британский» штамм, — объяснил руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков. — Поэтому у них есть общие мутации. Но есть и заново полученные. Среди них одна (Δ69-70HV) полностью совпадает в британским вариантом. В остальном эти вирусы сильно различаются.

По словам эксперта, делать какие-то значимые выводы о быстроте мутирования, распространения или увеличения смертности на основе этой информации преждевременно, так как не хватает данных по российской популяции.

— Если найденный в РФ вариант коронавируса не получил широкого распространения и действительно найден только в одном пациенте, то, возможно, он не приобрел опасных мутаций и научился жить только в организмах людей с ослабленным иммунитетом. Или же постепенно похожие штаммы будут находить всё в большем количестве образцов, — добавил Павел Волчков.

В активном поиске

В пресс-службе Роспотребнадзора на вопрос «Известий» о распространенности «российского» штамма коронавируса привели цитаты из ноябрьского заявления ведомства. Вероятно, новых исследований вопроса служба не проводила.

— Никакие мутации, которые мы наблюдаем на территории РФ, не влияют на эпидемиологическую значимость тех или иных вариантов, изолятов вируса. Всё, что мы видим на территории РФ, не усиливает возбудитель, не ослабляет возбудитель, просто мы видим мельчайшие изменения, которые в нем могут происходить, — говорила руководитель Роспотребнадзора Анна Попова.

Впрочем, в ведомстве отметили, что исследования в этом направлении продолжаются.

Что касается «британского» штамма, который недавно был найден у пациента из России, то пока, по заверению специалистов Роспотребнадзора, ситуация находится под контролем.

— Тест-системы, выпускаемые учреждениями Роспотребнадзора, позволяют выявлять и «британский» штамм, проводить эпидемический надзор и оперативно реагировать, чтобы препятствовать его дальнейшему распространению, — сказал заместитель директора по научной работе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Александр Горелов. — Созданные в РФ вакцинные препараты также защищают и от «британского» штамма. Поскольку это разновидность всё той же коронавирусной инфекции, то и меры профилактики остаются теми же, которые уже доказали свою эффективность.

Кроме того, сейчас полностью закрыты границы с Великобританией, напомнил специалист. Все эти мероприятия позволят разорвать эпидемическую цепочку и не допустить распространения нового штамма в нашей стране, заключил Александр Горелов.

Источник: «Известия»