Согласно «Руководству к осмотру аптек» в XVIII веке в каждом учреждении должны были быть материальная и рецептурная комнаты, лаборатория и погреб.
Материальная комната использовалась для размещения основного запаса медикаментов. Лекарственные средства хранились в деревянных ящиках, холщовых мешках, стеклянных и фарфоровых сосудах, деревянных и каменных штанглазах для мазей. Каждая емкость снабжалась соответствующей надписью, вытравленной на стеклянной поверхности или нанесенной светлой масляной краской. Чтобы ароматические вещества не теряли своих свойств, их складывали в стеклянные банки, которые хранились в оловянных сосудах.
Порошковые вещества помещали в колбы или выдвижные жестяные ящики, покрытые лаком. Все спиртосодержащие и летучие жидкости, согласно руководству, должны были храниться в плотно закрывающихся сосудах, пробки которых пропитывались воском и обвязывались бычьими пузырями, бумагой или двумя слоями кожи.
Для таких ядовитых веществ, как мышьяк, сулема, окись ртути, молочай и белая чемерица, выделялся специальный шкаф, закрытый на замок, ключ от которого хранился у аптекаря.
Рецептурная комната была оборудована двумя столами, один из которых предназначался для изготовления лекарственных средств, а другой – для отпуска медикаментов.
На столе для изготовления рецептурных препаратов полагалось иметь определенный набор инструментов:
- ручные весы с чашами, изготовленными из фарфора или скорлупы кокосового ореха. Очень редко чаши были медными, использование этого металла считалось нежелательным;
- ступка из стекла, агата или минерала змеевика;
- разнообразные мензурки и баночки для фасовки лекарственных веществ;
- серебряные, стальные, костяные ложки.
В рецептурной комнате хранился расходный запас лекарственных средств, которые располагались в алфавитном порядке. Исключение составлял только отдельно стоящий шкаф с ядами.
Центральное расположение делало рецептурную одним из основных помещений. Оно отделялось от приемной только прилавком, сообщалось с хозяйской комнатой (что позволяло аптекарю постоянно контролировать деятельность служащих), а также с комнатой-общежитием служащих фармацевтов.
Чтобы сотрудники могли слышать звонок, извещающий о прибытии посетителя, между рецептурной и комнатой-общежитием находилась деревянная перегородка, часто не доходящая до потолка. Из-за этого фармацевтам приходилось дышать парами готовящихся медикаментов.
В лаборатории изготавливались галеновые препараты – лекарства, получаемые путем вытяжки или экстракции из растительного или животного сырья. Поэтому в этом помещении располагалась печь с медными кубами и трубками, с помощью которой в аптеке изготавливали ароматные воды, эфирные масла и другие летучие вещества.

Здесь же размещались еще две печи – плавильная и пробирная, каждая из которых была оснащена необходимым количеством трубок, пробирок и чаш. Обязательным атрибутом был горн, образовывающий купол над печами.
Рабочей поверхностью в лаборатории служил большой деревянный стол, заставленный ступками. Возле него, на полочках, размещались колбы, банки с винтовыми крышками, реторты, алембики, медные цилиндры для плавления.
Во время работы в лаборатории применялось самое разнообразное оборудование:
- для измерения пропорций – большие и малые весы с чашами из железа, кости или рога;
- для варки и выжимки сырья – приспособления для розлива жидкостей, стеклянные воронки, луженые медные котлы, жаровни; соки уваривались в оловянных чашах; жидкости фильтровали через холст ("колпаки");
- для создания порошков – стеклянные, чугунные, бронзовые, каменные ступки, стальные наковальни; просеивать полученный порошок можно было через специальную машинку или через каменные, фаянсовые, жестяные сита;
- для изготовления пилюль – доска и лопаточки, сделанные из дерева, кости и железа;
- для работы с веществами с сильным запахом использовали специально отведенные ступки.
Погреб и подвал располагались максимально близко к лаборатории для обеспечения удобного и быстрого доступа к хранящемуся сырью. В основном там размещались емкости со скоропортящимися и летучими веществами, для которых необходимы были особые условия хранения. Жидкие вещества, такие как уксус, вино, настойки, заливали в покрытые спиртовым или масляным лаком дубовые бочки.