В1684 году на средства от издания своих трудов Мальпиги приобретает виллу в окрестностях Болоньи - в Кортичелли. По странному стечению обстоятельств во время его пребывания там внезапный пожар уничтожает дом в Болонье. В огне погибают уникальные рукописи, препараты, микроскопы. Через пять лет ученого настигает новый удар судьбы. На этот раз у беды конкретное лицо.

Группа завистников, возглавляемая старым профессором Монтальбани, вступает в сговор с семейством Сбаралья, все еще лелеющим надежду на отмщение семье Мальпиги, и подкупает шайку негодяев, которая варварски громит и пытается поджечь виллу ученого. На утро, когда еще не развеялась гарь, оглушенный несчастьем Мальпиги долго перебирал в пальцах разбросанные всюду осколки банок, выпотрошенные книги и гербарии, изувеченные приборы.
«За что?» - не понимал пожилой ученый. Ему стало казаться, что против него ополчился весь мир: измученная душа Мальпиги просила успокоения.
Он отказался от чтения лекций и в 1691 году принял предложение переехать в Рим, стать личным врачом папы Иннокентия XII и преподавать медицину в Папском колледже. Но вдалеке от родного дома его самого начинают одолевать хвори. В июле 1694 года у Мальпиги случился

первый инсульт. Ученый пытается бороться с болезнью и предпринимает попытку вновь заняться научной работой. Но умирает его любимая жена, и жизнь для ученого утрачивает смысл. 2
9 ноября у ученого случается второй инсульт, и жить Мальпиги остается не более суток. Но даже парализованный, с нарушенной речью, в свои последние часы он настойчиво диктует помощнику текст научной статьи об анатомии орлиного уха.
Болонья по достоинству оценила заслуги великого ученого: в память о нем отчеканена медаль с профилем Мальпиги, в университете установлена его статуя — по иронии судьбы рядом со статуей его кровного врага, доктора Сбаральи.
Ученый Мальпиги убедил своих коллег в необходимости развивать микроскопические исследования. В конце XVII века голландец
Кристиан Гюйгенс изобретает двухлинзовую систему окуляров, а его соотечественник Антони ван Левенгук обнаружит одноклеточные организмы и откроет наличие эритроцитов в крови. Оптические системы день ото дня станут все сложнее, проникнут на самые глубокие уровни строения тел и разрешения микроскопов будут измеряться уже в нанометрах. Но со времен Мальпиги нисколько не уменьшается ценность и важность внимательного взгляда исследователя, его способность анализировать и интерпретировать полученные факты.