Великая Отечественная война нанесла огромный урон народному здравоохранению. Было разрушено более 40000 больниц и поликлиник, 1125 санитарно-эпидемиологических станций, 656 домов отдыха и других курортных учреждений, уничтожено более 4000 аптек, большое количество аптечных складов, аналитических лабораторий.
К 1943 г. количество аптек сократилось до 6221, аптекарских магазинов — до 280, галеново-фармацевтических предприятий аптечных управлений — до 98. За 1941—1942 гг. число фармацевтов уменьшилось более чем наполовину. Многие предприятия медицинской промышленности были разрушены или переведены на выпуск военной продукции.
Война явилась суровым испытанием для всей системы здравоохранения, перед которой встали сложнейшие задачи: оказывать необходимую медицинскую помощь раненым и больным воинам, обеспечивать быстрый возврат их в строй, защищать армию и гражданское население от эпидемий инфекционных заболеваний.
Для выполнения этих задач по решению ЦК ВКП(б) в октябре 1941 г. был создан Всесоюзный комитет по организации помощи больным и раненым воинам. Позднее основная задача по обеспечению медицинской помощи раненым была возложена непосредственно на Наркомздрав. С начала войны до конца 1941 г., т. е. за 6 мес, было организовано 1300 госпиталей.
Снабжение госпиталей и лечебно-профилактических учреждений медикаментами и медицинскими изделиями осуществлялось аптечной службой страны. Временное сокращение сырьевой базы и химико-фармацевтической промышленности компенсировалось аптечными управлениями за счет расширения заготовок лекарственных растений. При областных аптечных управлениях были созданы отделы по заготовке лекарственного сырья, к проведению заготовок широко привлекались студенты, школьники и другое население.
На базе галеново-фармацевтических лабораторий аптечных управлений почти вдвое возросло производство галеновых препаратов из местных дикорастущих растений. К изготовлению медицинских изделий и некоторых препаратов привлекались предприятия местной промышленности. Использование имеющихся ресурсов лекарственных средств в военные годы строго регламентировалось. Запасы медикаментов и перевязочных материалов направлялись в первую очередь в госпитали и лечебно-профилактические учреждения, обслуживающие рабочих оборонных и промышленных предприятий.
В трудные военные годы аптечные управления восточных районов страны и Средней Азии, куда была эвакуирована значительная часть промышленности, расширяли аптечную сеть. В Западной Сибири и на Урале было открыто 54 городских и 25 сельских аптек, в среднеазиатских республиках —132 новые аптеки.
По мере освобождения оккупированных районов страны проводились восстановительные работы, открывались вновь лечебно-профилактические и аптечные учреждения. Большую помощь в проведении восстановительных работ оказывали освобожденным районам братские республики Закавказья, Средней Азии и другие районы страны.
Аптечные работники с честью справились с трудностями военного времени. Уже к концу 1945 г. общий объем товарооборота аптечной сети почти достиг довоенного уровня.
За годы Отечественной войны медицинской службой страны была оказана помощь более чем 10000000 раненых и больных, возвращено в строй больше 72% раненых и свыше 90% больных солдат и офицеров. Заслуга в этом наряду с медицинскими работниками принадлежит и фармацевтам.